Le fichier PDF est la forme finale du manuscrit prêt à l'impression.

Cette version finale (à laquelle il manque néanmoins l'index!) est nécessaire, car elle fournit la pagination définitive, indispensable à la rédaction de l'index.
Voir aussi Éléments d'un index

La possibilité de recherche dans un PDF ne supprime pas le travail d'indexation, car celui-ci est basé sur les idées et non sur les mots.
Voir à ce sujet Pourquoi un index.

Pour l'indexation de noms propres, la recherche sur PDFs est utile, mais un tri et des vérifications sont nécessaires pour obtenir un index véritablement utile au lecteur.
Voir par exemple Lieux, Personnages.